# ppanggolin package

## Subpackages

```{toctree}
:maxdepth: 4

ppanggolin.RGP
ppanggolin.align
ppanggolin.annotate
ppanggolin.cluster
ppanggolin.context
ppanggolin.figures
ppanggolin.formats
ppanggolin.graph
ppanggolin.info
ppanggolin.meta
ppanggolin.metrics
ppanggolin.mod
ppanggolin.nem
ppanggolin.projection
ppanggolin.utility
ppanggolin.workflow
```

## Submodules

## ppanggolin.edge module

```{eval-rst}
.. automodule:: ppanggolin.edge
   :members:
   :undoc-members:
   :show-inheritance:
```

## ppanggolin.geneFamily module

```{eval-rst}
.. automodule:: ppanggolin.geneFamily
   :members:
   :undoc-members:
   :show-inheritance:
```

## ppanggolin.genetic_codes module

```{eval-rst}
.. automodule:: ppanggolin.genetic_codes
   :members:
   :undoc-members:
   :show-inheritance:
```

## ppanggolin.genome module

```{eval-rst}
.. automodule:: ppanggolin.genome
   :members:
   :undoc-members:
   :show-inheritance:
```

## ppanggolin.main module

```{eval-rst}
.. automodule:: ppanggolin.main
   :members:
   :undoc-members:
   :show-inheritance:
```

## ppanggolin.metadata module

```{eval-rst}
.. automodule:: ppanggolin.metadata
   :members:
   :undoc-members:
   :show-inheritance:
```

## ppanggolin.pangenome module

```{eval-rst}
.. automodule:: ppanggolin.pangenome
   :members:
   :undoc-members:
   :show-inheritance:
```

## ppanggolin.region module

```{eval-rst}
.. automodule:: ppanggolin.region
   :members:
   :undoc-members:
   :show-inheritance:
```

## ppanggolin.utils module

```{eval-rst}
.. automodule:: ppanggolin.utils
   :members:
   :undoc-members:
   :show-inheritance:
```

## Module contents

```{eval-rst}
.. automodule:: ppanggolin
   :members:
   :undoc-members:
   :show-inheritance:
```